Nach seiner Teilnahme am Ersten Weltkrieg schied Alois Braun als Oberleutnant aus einem Jäger-Bataillon der Reichswehr aus. Anschließend war er Volksschullehrer in Freising und Umgebung. Anfang der 1930er Jahre engagierte er sich als Kreisvorsitzender des Katholischen Kreislehrerverbandes. Bereits vorher entstandene Konflikte führten zu einer viertägigen Inhaftierung Brauns während der sogenannten Machtübernahme. Seine in der Schule geäußerte Kritik am Nationalsozialismus führte zu einem Verfahren gegen ihn, in dem er freigesprochen wurde. Bereits ein Jahr zuvor war er auf eigene Initiative hin aus dem Schuldienst in die Wehrmacht versetzt worden. Nach Fronteinsätzen im Stab verschiedener Panzer-Jäger-Abteilungen erhielt er 1942 das ‚Krim-Schild‘ und trat im Oktober desselben Jahres in der Heimat seinen Dienst bei den Ersatztruppen an. Anfang des Jahres 1945 leitete Alois Braun, inzwischen zum Major befördert, die in Freising stationierte Panzer-Ersatz-Abteilung 17 mit rund 2000 Soldaten.
Erst Anfang April 1945 mit Vertretern der Freiheitsaktion Bayern (FAB) in Kontakt gekommen, beteiligte sich ein Teil der Einheiten auf seinen Befehl hin am Aufstand. Wahrscheinlich waren aber nur einige wenige Offiziere und Soldaten tatsächlich in die Pläne eingeweiht. Eine zentrale Rolle spielte die Einheit, die unter der Leitung von Leutnant Ludwig Reiter die Großsendeanlage in Ismaning erfolgreich besetzte. Alois Braun selbst befand sich währenddessen auf einem extra eingerichteten Stützpunkt auf dem Haidberghof nördlich von Freising, in dessen Umgebung er sich nach dem Scheitern des Aufstandes bis zum Einmarsch der US-Truppen verstecken konnte.
Von Juli 1945 bis 1957 war Braun schließlich im Bayerischen Staatsministerium für Unterricht und Kultus tätig. Er engagierte sich für eine angemessene Erinnerung an die FAB und den Widerstand in Bayern unter anderem mit der Sammlung von Widerstands-Berichten für ein „Archiv der Widerstandsbewegungen eingerichtet im Auftrag der Bayerischen Staatskanzlei“, das 1947/48 bestand. 1959 erhielt Braun den Bundesverdienstorden Erster Klasse, 1962 den Bayerischen Verdienstorden. Ende des Jahres 1963 starb er in Freising, wo heute ein Straße nach ihm benannt ist.