Houston Stewart Chamberlain stammte aus einer wohlhabenden englischen Adelsfamilie. Kurz nach seiner Geburt starb seine Mutter. Zusammen mit seinen Brüdern wuchs er bei seiner Großmutter väterlicherseits und einer Schwester seines Vaters in Versailles auf. Sein Vater, ein Admiral, hatte ihn für das Militär vorgesehen und holte ihn 1866 nach England zurück, wo er in den folgenden Jahren eine Privatschule auf dem Land besuchte.
1870 kehrte er nach Frankreich zurück und verbrachte, finanziell unabhängig, zusammen mit seiner Tante die nächsten neun Jahre auf Reisen durch Europa. 1874 lernte Chamberlain in Cannes seine spätere erste Frau Anna Horst kennen. 1878, nach dem Tod seines Vaters, heirateten die beiden. 1879 nahm Chamberlain ein Studium der Naturwissenschaften in Genf auf, das er bereits zwei Jahre später beendete. Eine danach erarbeitete Dissertation konnte er aufgrund gesundheitlicher Probleme, die ihn sein ganzes Leben hindurch begleiten sollten, jedoch nicht abschließen. Seine Forschungen hat er erst 1897 veröffentlicht.
Mit seiner Frau zog er 1884 nach Dresden, wo er sich intensiv mit Kant beschäftigte und das dortige kulturelle Angebot an Theater und Musik eifrig wahrnahm. So engagierte er sich im örtlichen Wagner-Club. 1882 hatte er anlässlich eines Besuchs bei den Opern-Festspielen in Bayreuth Richard Wagner persönlich kennengelernt und war ein glühender Verehrer von ihm geworden. Ab 1888 veröffentlichte er seinen ersten deutschsprachigen Artikel, der die Aufmerksamkeit und das Interesse des sog. inneren Wahnfried-Zirkels um Richard Wagners Ehefrau Cosima weckte. 1889 ging Chamberlain nach Wien, wo er als freier Schriftsteller arbeitete. Er beschäftigte sich in erster Linie mit naturphilosophischen, religiösen und politischen Themen. Dort veröffentlichte er 1895 eine zweibändige Biografie von Richard Wagner, die auch dessen politische, gesellschaftliche und musikgeschichtliche Anschauungen darlegte und ihn für die völkisch-nationalistische und später für die nationalsozialistische Ideologie anknüpfungsfähig machte. Zusammen mit seinen nachfolgenden Studien zu Goethe und Kant entstand gleichsam eine Trilogie der von Chamberlain so bezeichneten „germanischen Geistesgrößen“.
Danach begann er die Arbeit an seinem bekanntesten Werk, Die Grundlagen des XIX. Jahrhunderts, das erstmals 1899 im Münchner Bruckmann Verlag erschien. Es erlebte zahlreiche Neuauflagen und avancierte rasch zum Standardwerk für die pangermanische, völkische Bewegung und den Rassenantisemitismus im Deutschland des frühen 20. Jahrhunderts. In diesem mehr als 1200 Seiten umfassenden Buch setzte sich Chamberlain mit zeitgenössisch beliebten Rassentheorien auseinander, ging aber auch in langen Ausführungen auf die Geschichte der griechischen und römischen Antike mit ihrer Bedeutung für Philosophie und Kunst sowie die Entwicklung von Gesetz und Staatlichkeit ein. Die Geschichte des Abendlandes schilderte er als einen Kampf der Rassen, wobei er sowohl die Griechen und Römer als auch die Germanen zur „arischen Rasse“ zählte, die durch Fleiß und Unternehmungsgeist gekennzeichnet sei, und sie den Juden gegenüberstellte.
Zwar gestand Chamberlain einzelnen Juden*Jüdinnen durchaus eine gewisse edle Gesinnung zu, betonte aber gleichzeitig ihre Unfähigkeit als Gesamtheit und ihre Unterlegenheit gegenüber der „arischen Rasse“. Er legte größten Wert auf das sog. Rassebewußtsein und ging von einem absoluten und unüberbrückbaren Gegensatz zwischen germanischer und jüdischer Rasse sowie davon aus, dass Wesen und Charakter des Menschen von seiner Rasse bestimmt würden, und dies unabänderlich sei. In seinen Augen gehörten alle Europäer*innen, also nicht nur Deutsche, sondern auch Kelt*innen, Slaw*innen, Griech*innen und Latiner*innen, der „arischen Rasse“ an; die German*innen jedoch stünden an der Spitze dieser Rasse und somit aller anderen Rassen. Chamberlains Hauptwerk fand viele begeisterte Leser, wie etwa Kaiser Wilhelm II. oder Alfred Rosenberg, dessen Mythus des 20. Jahrhunderts als Fortsetzung der Grundlagen konzipiert war, und später auch Adolf Hitler.
In den Folgejahren publizierte Chamberlain neben zahlreichen Aufsätzen zu Richard Wagner und Bayreuth einige Monographien, darunter 1905 eine Einführung in das Werk Immanuel Kants. 1908 heiratete er in zweiter Ehe Eva von Bülow, die Tochter von Richard und Cosima Wagner, und ließ sich in Bayreuth nieder. 1916 bezog das Paar dort eine stattliche Villa neben der Wagners, Villa Wahnfried. Im selben Jahr wurde er deutscher Staatsbürger.
1917 trat Chamberlain in die rechtsradikale, völkisch und antisemitisch orientierte Deutsche Vaterlandspartei ein. Unmittelbar nach dem als Heerschau für die vaterländischen und völkischen Verbände dienenden ‚Deutschen Tag‘ in Bayreuth am 30.9.1923 besuchte Hitler den schwer kranken Chamberlain. Dieser Besuch hinterließ bei dem Schriftsteller einen großen Eindruck. Am 26.1.1926 trat er in die NSDAP ein.
Chamberlain, einer der einflussreichsten Vordenker der völkischen Bewegung, verstarb am 9.1.1927. Am 12. Januar fand auf dem Coburger Stadtfriedhof eine Trauerfeier mit anschließender Einäscherung statt. Anwesend waren neben Hitler auch Wilhelm von Preußen, Sohn des letzten deutschen Kaisers. Chamberlain war von 1922 bis zur posthumen Aberkennung 2013 Ehrenbürger der Stadt Bayreuth. Eine 1937 nach ihm benannte Straße wurde 1947 umbenannt. Das gemeinsame Grab mit seiner Frau Eva befindet sich auf dem Stadtfriedhof in Bayreuth.
