Der Sohn eines Bankiers trat nach der Kadettenausbildung 1893 in die bayerische Armee ein. Im Anschluss an eine Generalstabsausbildung übernahm er verschiedene hohe Stabsstellen im bayerischen Heer. Im September 1920 verließ er, seit 1914 Ritter von Seißer, das Militär, um die neue Bayerische Landespolizei zu leiten. Von Seißer baute diese zu einer paramilitärischen Formation mit 17.500 Mann aus, die in den Nachkriegsjahren vorwiegend gegen linksgerichtete Bestrebungen eingesetzt wurde. So ging die Landespolizei etwa beim ‚Coburger Blutsonnabend‘ am 3.9.1921 massiv gegen eine von Sozialdemokrat*innen organisierte Demonstration vor, die gegen den rechtsextremen Mord an Reichsfinanzminister Matthias Erzberger protestierte. 20 Demonstrant*innen wurden von der Landespolizei verletzt, einer starb.
Von Seißer beteiligte sich, zusammen mit dem Generalstaatskommissar Kahr und dem bayerischen Militärkommandanten von Lossow (auch als ‚Triumvirat‘ tituliert), durch Hitler unter Druck gesetzt, zum Schein an den Vorbereitungen des nationalsozialistischen Putschversuchs am 8./9.11.1923 in München. Er sollte im Falle eines gelungenen Putsches Polizeiminister werden. Von Seißer widerrief seine Zusage jedoch nach dem Verlassen der gemeinsamen Versammlung im Bürgerbräukeller und ordnete an, dass die Landespolizei die Innenstadt abriegelte und den Putsch niederschlug. Bei der Schießerei am Odeonsplatz am 9.11. starben neben den Putschisten auch vier Angehörige der Landespolizei.
Von Seißer hätte 1923 um ein Haar sein Amt verloren, konnte jedoch auf seinem Posten verbleiben und ging erst 1930 in Pension. 1933 wurde er kurzzeitig im KZ Dachau inhaftiert. Nach dem Einmarsch amerikanischer Truppen übernahm von Seißer noch einmal von Mai bis August 1945 eine staatliche Funktion, die Leitung des Polizeipräsidiums in München.