Die ledige Schwabingerin trat 1933 aus der katholischen Kirche aus und wurde eine Zeugin Jehovas. Amalie Wagner verlor wegen ihres Glaubens ihre Arbeit und wurde am 6. Mai 1937 verhaftet. Am 13. Juli 1937 verurteilte sie das Sondergericht München zu vier Monaten Gefängnis. Sie hatte an Bibelkreisen teilgenommen und sich im Februar an der Protestflugblattaktion beteiligt.
Am 24. September 1937 wurde sie in das KZ Moringen deportiert, danach in die KZ Lichtenburg, Ravensbrück und Groß-Rosen. In den Kriegsjahren verbesserte sich vorübergehend ihre Lage, als sie in Außenarbeitskommandos in Haushalten von SS-Funktionären, unter anderem auf dem Gut Comthurey des Leiters des SS-Wirtschafts- und Verwaltungshauptamts Oswald Pohl, eingesetzt war.
Nach dem Ende der NS-Herrschaft 1945 kehrte Amalie Wagner nach München zurück und wirkte bis zu ihrem Tod 1982 in einer Gemeinde der Zeugen Jehovas.