Die Sicherheitspolizei, ein Zusammenschluss von Gestapo und Kriminalpolizei, stellte für nahezu jede deutsche territoriale Expansion seit 1938 mobile Kommandos zusammen, die unmittelbar nach der Wehrmacht in fremde Gebiete eindrangen. Die Einsatzgruppen hatten politische Polizeiaufgaben zu übernehmen, in der Regel tatsächliche und vermeintliche Gegner des Deutschen Reiches ausfindig zu machen, zu verhaften und auch zu ermorden. Bereits beim ‚Anschluss‘ Österreichs im März 1938 marschierte ein Einsatzkommando in das Land ein, bei der Besetzung des Sudetenlandes im September des Jahres waren es die Einsatzgruppen ‚Dresden‘ und ‚Wien‘, beim Einmarsch in die übrigen tschechischen Länder im März 1939 die Einsatzgruppen I ‚Prag‘ und II ‚Dresden‘. Diese Kommandos konzentrierten sich vor allem auf die Beschlagnahme von Dokumenten einheimischer Verwaltungen und Polizeien, z.T. auch auf Personenermittlungen und Verhaftungen.
Während des Krieges gegen Polen drangen sieben Einsatzgruppen der Sicherheitspolizei mit Nummern I-VI und der Einsatzgruppe z.b.V. (zur besonderen Verwendung) in das Nachbarland ein, die bereits den Auftrag hatten, Tausende von Angehörigen der polnischen Intelligenz zu ermorden. Darüber hinaus terrorisierten sie die jüdischen Einwohner*innen mit dem Ziel, sie zur Flucht ins sowjetisch besetzte Gebiet zu veranlassen. Die Massenmorde der Einsatzgruppen 1939 führten zu Diskussionen mit einigen Wehrmachtsbefehlshabern. Als Konsequenz aus diesen Konflikten wurden für die Kriege in Nord- und Westeuropa 1940 kleinere Kommandos eingesetzt. Erst im Krieg gegen Jugoslawien im April 1941 wurde wiederum eine Einsatzgruppe (‚Serbien‘) aufgestellt.
Die umfangreichste und verbrecherischste Tätigkeit entfalteten die Einsatzgruppen im Krieg gegen die Sowjetunion. Für das ‚Unternehmen Barbarossa‘ wurden im Frühjahr 1941 genaue Festlegungen für den Einsatz getroffen. In frontnahen Gebieten sollten Sonderkommandos operieren, die relativ eng an die jeweiligen Armeen angebunden blieben. Weiter hinten, in den sogenannten Heeresgebieten, sollten größere Einsatzkommandos relativ unabhängig tätig werden, die ihre ‚fachlichen Weisungen‘ von den regionalen Höheren SS- und Polizeiführern erhielten. Im Mai 1941 wurden vier Einsatzgruppen der Sicherheitspolizei und des SD (Sicherheitsdienst) mit insgesamt etwa 3000 Mann, unter ihnen auch Züge aus Ordnungspolizei und Waffen-SS, aufgestellt. Jede Einsatzgruppe verfügte über einen Stab, der ähnlich wie das Reichssicherheitshauptamt gegliedert war (Personal/Verwaltung, SD, Gestapo, Kripo) und in der Regel je zwei Sonderkommandos und zwei Einsatzkommandos.
Die Einsatzgruppe A operierte im Raum der Heeresgruppe Nord und besetzte das Baltikum, die Regionen bei Leningrad und zeitweise auch den Norden Weißrusslands. Die Einsatzgruppe B war der Heeresgruppe Mitte zugeordnet und drang in Weißrussland und die mittleren Gebiete der Russischen Föderation Richtung Moskau ein, die Einsatzgruppe C bei der Heeresgruppe Süd war für die Gebiete der Ukraine und die südlichen Teile der Russischen Föderation zuständig und die Einsatzgruppe D marschierte mit der 11. Armee von der rumänischen Grenze an der Schwarzmeerküste entlang, auch auf die Krim und in den Nordkaukasus. Im Sommer 1941 stellten die Sicherheitspolizeistellen im besetzten Polen (Generalgouvernement) weitere Trupps auf, die weiter westlich in Ostpolen operierten, da die vier Einsatzgruppen bereits in den weit entfernten Osten gezogen waren.
Die genauen Befehle an die Einsatzgruppen für das ‚Unternehmen Barbarossa‘ können nur noch teilweise rekonstruiert werden. Fest steht jedoch, dass sie die Aufgabe hatten, die Gebiete im Rücken der Front durch die Ermordung von ‚Reichsfeinden‘ zu sichern.
Die Massenmorde der Einsatzgruppen begannen zwei Tage nach dem Einmarsch in der Sowjetunion. Sie richteten sich in erster Linie gegen Juden*Jüdinnen, in zweiter Linie gegen nichtjüdische Kommunisten, und auch gegen Rom*nja. Darüber hinaus waren die Einheiten an der Auslösung von antijüdischen Pogromen in Lettland und in der Westukraine beteiligt. Sie stellten Hilfsverbände aus Einheimischen auf, die insbesondere im Baltikum maßgeblich an den Verbrechen beteiligt wurden. Von August bis Oktober gingen die einzelnen Kommandos dazu über, auch jüdische Frauen und Kinder, schließlich alle Juden*Jüdinnen in neu eroberten Regionen zu ermorden. Seit Oktober 1941 hatten die Kommandos auch uneingeschränkten Zugang zu den Kriegsgefangenenlagern der Wehrmacht, wo sie bestimmte Gruppen der Gefangenen, vor allem Juden und Politfunktionäre, ermordeten.
Die höheren Stäbe der Wehrmachtsverbände und die Militärverwaltungen arbeiteten eng mit den Einsatzgruppen zusammen, forderten die Kommandos an und belieferten sie mit Munition, gelegentlich stellten sie auch Militärpersonal für die Mordaktionen. Kritik daran wurde vergleichsweise selten geübt. Von zentraler Bedeutung für die Ausführung der Massenmorde war die enge Zusammenarbeit der Einsatzgruppen mit anderen SS- und Polizeieinheiten, vor allem den Bataillonen der Ordnungspolizei und einigen Verbänden der Waffen-SS. Die Einsatzgruppen und -kommandos wurden allmählich in ortsfeste Dienststellen umgewandelt, die Sonderkommandos und die Einsatzgruppe D operierten bis zum Rückzug weitgehend mobil. Insgesamt haben die mobilen Einsatzgruppen in der Sowjetunion etwa 700.000 Menschen ermordet, weit überwiegend Juden*Jüdinnen. Zusammen mit den lokalen Dienststellen der Sipo und des SD ermordeten die Einsatzgruppen in der Sowjetunion etwa drei Millionen Menschen, darunter zweieinhalb Millionen Juden*Jüdinnen.
Auch an anderen Kriegsschauplätzen wurden solche Einheiten eingesetzt, so 1942 das Einsatzkommando Tunis in Tunesien, die Einsatzgruppe E in Kroatien, die Einsatzgruppe F bei der Heeresgruppe Süd, ab März 1944 die Einsatzgruppe G in Ungarn, von August 1944 an die Einsatzgruppe H in der Slowakei und schließlich die Einsatzgruppen K und L bei der 5. und 6. Panzerarmee während der Ardennenoffensive ab Dezember 1944.
Die Einsatzgruppen setzten sich zum überwiegenden Teil aus Angehörigen der Sicherheitspolizei und des Sicherheitsdienstes zusammen, ihre Offiziere sahen in dieser Tätigkeit eine Möglichkeit, eine Art von weniger gefährlichem ‚Fronteinsatz‘ zu absolvieren und ihre Karrieren zu beschleunigen. Sie wechselten problemlos von den Schreibtischen im Reich zu den Erschießungsstätten im Osten. Das Personal unterstand einer SS- und Polizeigerichtsbarkeit und unterlag insbesondere in den besetzten sowjetischen Gebieten keinen rechtlichen Bindungen.
Die Männer stammten aus allen Teilen des Reiches, so auch aus München. Unter den Führern und Offizieren der Mordeinheiten sind zu nennen: der stellvertretende Leiter der Einsatzgruppe IV im Krieg gegen Polen, Josef Meisinger, oder der Führer des Sonderkommandos 10a, das 1942/43 im Kaukasus stationiert war, Kurt Christmann. Friedrich Panzinger aus München war nicht nur der Koordinator aller Einsatzgruppen im Reichssicherheitshauptamt, sondern leitete 1943/44 auch die Einsatzgruppe A im Raum Leningrad. Oswald Schaefer kommandierte das Einsatzkommando 9 im Mittelabschnitt der ‚Ostfront‘, bevor er im März 1942 die Führung der Gestapo in München übernahm. Doch auch unter den Opfern der Einsatzgruppen befanden sich Münchner*innen. So wurden alle 999 Insassen des Deportationstransportes vom 20.11.1941 aus München, die ins lettische Kaunas kamen, unmittelbar nach ihrer Ankunft am 25. November von Angehörigen des Einsatzkommandos 3 erschossen.
Ein kleiner Teil der Einsatzgruppen-Angehörigen wurde nach 1945 vor Gericht gestellt, zunächst im sogenannten Einsatzgruppenprozess vor einem US-Militärgericht in Nürnberg 1947, ab Ende der 1950er-Jahre dann vor deutschen Gerichten. Vor dem Landgericht München I fanden zwischen 1970 und 1980 mehrere Strafverfahren gegen Führer der Einsatzgruppe D statt. Auch der Leiter des Einsatzkommandos 8, Otto Bradfisch, stand 1961 in München vor Gericht. Doch nur wenige der angeklagten Offiziere wurden als Mörder verurteilt, meist galten sie lediglich als Tatgehilfen.